故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。

消防员从一家被大火烧毁的“虚拟空间工厂”的废墟里救出了身受重伤的乔布，此时的他处于奄奄一息的状况之下，并且失去了过去的所有记忆，由于过度烧伤，医生还对他进行了整容手术，醒来后的乔布已经完全失去了从前的面貌但沃克带领的正从事虚拟空间研究的“虚拟空间研究所”却已经暗中盯上了乔布，他们对乔布进行了虚拟现实实验，以此来帮助他重建了思想，最终借助他的力量来实现不可告人的目的。 时间来到未来的洛杉矶。彼得和特拉维斯、哈维、肖恩等几个小伙伴住在城市地下的隧道里，过着流浪的生活，几个人都酷爱网络虚拟游戏，在一次进入虚拟空间时，彼得竟然遇到了乔布，两人相见甚欢，乔布告诉彼得自己被困在了虚拟空间，而网络虚拟空间即将毁灭，他也会随之消失，只有一个叫本杰明?特雷斯的人能够救他，恳求彼得帮他找到特雷斯并将他带到虚拟空间里。彼得一口答应，但找到特雷斯后却发现那是个十足的怪人，他隐居在人迹罕至的戈壁，对陌生的彼得并不友好。直到彼得提到奇容芯片的事，他才答应前往

罗伯特（迈克尔·杜迪考夫 饰）是一家跨国企业GENCOM的电气工程师。他的生活一直正常，直到他开始经历了可怕的充满混乱和暴力的真实幻觉。一天晚上，他被攻击了，他设法逃出家躲藏在树林里。从他躲藏的地方，他目击了他的妻子和攻击他的那个男人谈话并且和他们离开。他进入到被洗劫了的房子时，发现了一张GENCOM公司的磁盘。当他潜入公司的电脑主机运行这张磁盘时，他稍微改变了一下出现在屏幕上的图像。此..

两个单亲家庭的故事。艾普尔，臭虫（艾普尔的妹妹）和爸爸，原本是一个安静祥和的家庭，因为艾普尔的新男友本以及后来本的单亲妈妈的加入，跟艾普尔的爸爸发生的一些怪异微妙的关系，让处于青春期后期的艾普尔无所适从，导致她想尽全部办法极力阻挠，不过，经过种种艰难，他们最终还是幸福的生活了在一起。

控制室发生一系列事故之后，船员凯撒怀疑有人蓄意要破坏“卡塔吉娜号”但是已经太迟了，破产的船主为了骗取保险金，收买了一名船员已经将船炸开了裂缝。悲剧已经无可避免…

一个在24小时以内的故事。发生为了寻找失踪女友，来福（吴彦祖饰）从内地移民至香港，在旺角找了一份差事，误入歧途成了一名杀手，卷入了黑社会的腥风血雨中。提携他的是奸诈的老六，他混迹于黑白两道，是警方的线人，来福因此踏上亡命之途。其间遇到妓女丹（张柏芝饰），相似的身世令二人相见如故，丹决心帮来福找回女友，同时要改过自身。

在罗飞和Darker的角逐中，前刑警队长落网，庞大的商业集团势力重组，多年前令全市女孩恐惧的碎尸案真凶逐渐浮出水面……Darker对生父死亡真相的探寻，牵动了多方命运的变动，也成为他和罗飞斗争的焦点!十二年前，是什么样的真相，让那个充满正义感的警界奇才，变身成为冷酷的杀手?十二年后，是什么样的因果，让新一代的死亡宣判者，无法逃避自己宿命般的责任?他们，无一例外地踏上了各自的宿命之路……

对于新闻记者来说，每一次赶往新闻现场都是一次同行间的赛车比赛。《香港日报》的老记者阿苦（周华健 饰）浸淫行业多年，这天却因为采编不力被主编痛批。同日，从美国留学归来的新丁记者Peter王（吴彦祖 饰）到报馆报到，主编顺势将Peter塞给阿苦照顾。报社之花Joey（张可颐 饰）决定采访为女同学出头反遭退学处理的学生社团分子阿伟，隐瞒身份接近后者。另一方面，阿苦为了采访珠宝展拜访担任展览安保的老朋友麦警官，希望得到独家消息，Peter则得到了一个新手任务：采访因为交通事故陷入窘境的孤儿姐弟三人。三人为了各自的新闻努力与当事人沟通调查，引发了三段充满真情的故事……

弗兰克（吴启华 饰）和米雪（关之琳 饰）是一对非常恩爱的夫妻，两人相约前往欧洲度假。然而，一场误会的发生让弗兰克误会了米雪红杏出墙，愤怒之中，他孤身一人前往伦敦，找自己的好友张志强（吕良伟 饰）诉苦。另一方面，米雪独自去了巴黎散心。 最终，弗兰克明白了是自己误会了妻子，于是赶到巴黎找她重修旧好，却在那里和青梅竹马的玩伴妮娜（利智 饰）相遇了。妮娜如今是黑帮老大马老板的情人，马老板误以为弗兰克和张志强是妮娜的情夫，于是对两人展开了围剿，米雪也因此加深了对弗兰克的误解。螳螂捕蝉黄雀在后，马老板的一举一动都被缉毒警察们看在眼里。

1999年，臭氧层即将毁灭殆尽之际，麦克罗设计了雷射罩将地球包裹起来取代了臭氧层，然而人们的生活从此受限，然而麦克罗的真正身分却是另一星球的叛军领袖，已经逐渐消逝的记忆，却在一偶然机会被唤起……

萨沙接获德国外部通知，未婚妻茱莉亚在潜水时遇溺身亡。正当萨沙悲痛欲绝之际，赫然在电视看到茱莉亚出现！一批伊拉克恐怖份子胁持数名欧洲人质，他认出其中一人就是茱莉亚，于是要求德国政府出手营救，但遭外交部一口拒绝。在无计可施之下，他唯有独力追查真相，他发现女友的身份疑点重重。再深入研究，发觉事件牵涉德国非法售卖核武技术给伊拉克，为了茱莉亚，他决定只身前往伊拉克，深入虎穴。